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神经网络在数据科学和电子显微镜之间的系

从样品制备到图像采集,电子显微镜(EM)需要精确且耗时的步骤才能产生清晰可见的细节,从而以高分辨率可视化小型细胞结构。此外,一旦创建了EM图像,通过分析从其中提取生物学信息可能是一项更加费力且耗时的任务。特别是因为当前的EM分析软件通常需要科学家的熟练技术才能手动查看数百幅图像。

借助马克斯·普朗克佛罗里达神经科学研究所(MPFI)的跨学科研究团队的独创性和尖端神经网络的应用,他们创建了旨在简化部分冗长过程的新型强大分析软件。与电子显微镜核心设施和科视实验室合作,该项目要求两名高中生极大地改进了已建立的基于计算机的技术,用于分析EM图像中的蛋白质分布。与使用荧光标记的传统光学显微镜不同,EM要求蛋白质用金纳米颗粒标记,以便在细胞内可视化它们。该软件被戏称为“ Gold Digger”,它使用深度学习方法来识别与特定目标蛋白质结合的金颗粒。

MPFI团队在《科学报告》的新出版物中设计了一种可适应的,基于深度学习的算法,能够准确识别不同大小的金颗粒。这种完全自动化的方法将加快计数过程,并生成跨膜的蛋白质分布的更精确的位置信息,从而加快新的突破。

深度学习或神经网络是一种计算策略,可让软件随着时间的推移逐步学习。就像人的大脑一样,这些类型的算法能够将视觉场景分解为各个组成部分,并被教导识别某些方面。通过提供预先注释的“训练数据”,该软件可以学习如何复制和模仿给定任务的人为行动,这是计算机在不远的过去无法做到的。

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