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我们几乎一无所知的人类基因数据库
通过加强对未知蛋白质的关注来加速研究。
英国研究人员开发了一个新的可公开访问的数据库,他们希望看到它随着时间的推移而缩小。这是因为它是人类基因组中基因编码的数千种尚未研究的蛋白质的概要,这些蛋白质的存在是已知的,但其功能大多未知。
该数据库被称为“unknome”,是英国牛津大学邓恩病理学院的 Matthew Freeman和英国剑桥 MRC 分子生物学实验室的 Sean Munro 及其同事的成果,并在开放获取期刊 PLOS Biology。他们自己对数据库中一部分蛋白质的研究表明,大多数蛋白质有助于重要的细胞功能,包括发育和抗压能力。
人类基因组的测序清楚地表明,它编码了数千种可能的蛋白质序列,但其身份和功能仍然未知。造成这种情况的原因有多种,包括倾向于将稀缺的研究资金集中在已知的目标上,以及缺乏包括抗体在内的工具来询问细胞这些蛋白质的功能。
但作者认为,忽视这些蛋白质的风险很大,因为很可能其中一些蛋白质,也许是许多蛋白质,在关键细胞过程中发挥重要作用,并且可能为治疗干预提供见解和目标。
为了促进对此类蛋白质的更快速探索,作者创建了unknome 数据库,为每种蛋白质分配一个“已知”分数,反映科学文献中有关功能、跨物种保护、亚细胞区划和其他元素的信息。
基于这个系统,有数千种蛋白质的已知度接近于零。包括来自模型生物体的蛋白质以及来自人类基因组的蛋白质。该数据库对所有人开放并且可定制,允许用户为不同元素提供自己的权重,从而生成自己的一组已知分数来优先考虑自己的研究。
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