新的基于云的存储库创建了工程微生物的数字指纹

创建工程微生物数字指纹的基于云的存储库已成功试用。

由纽卡斯尔大学领导的一个国际团队推出了 CellRepo，这是一个物种和菌株数据库，它使用细胞条形码来监测和跟踪工程生物。该数据库在《自然通讯》杂志的一项新研究中报道，该数据库跟踪和组织细胞工程过程中产生的数字数据。它还将这些数据与相关的活体样本进行分子链接。

该资源可在全球范围内使用，支持国际合作并具有显着的安全优势，例如通过更快地追踪生物实验室的起源和设计细节来限制故意或意外释放的转基因微生物的影响。

CellRepo 建立在版本控制之上，这是一个来自软件工程的概念，用于记录和跟踪软件代码的更改。科学家们认为，细胞工程的版本控制将使工程生物学更加开放、可重复、更易于追踪和共享，并且更值得信赖。

研究团队强调了这种社区资源的其他好处，例如可追溯性——为菌株提供准确的文件并正确地记入实验室工作。该数据库还通过更容易跟踪和分配所有权来将责任放在焦点上。

通过访问全球数据库，研究人员将能够更轻松地重现结果并进行协作。科学家们还认为，存储库将提高透明度并降低与数据和​​源代码丢失相关的成本。

主要作者，纽卡斯尔大学计算机科学与合成生物学教授 Natalio Krasnogor 说：“工程生物学不是火箭科学。它要困难得多。因此，我们必须更加公开地去做。 CellRepo 的核心是一个协作平台，细胞工程师可以在其中记录他们的工作并与他人(在他们自己的实验室或更广泛地)共享。通过实现更多的协作和无缝共享工程菌株，我们希望为每个人加速和改进合成生物学过程和报告。CellRepo 是一个社区资源，因此我们邀请工程生物学家、合成生物学家、生物技术专家和生命科学家更普遍地尝试它并与我们取得联系，以便我们知道什么有效，什么需要改进!”

在我的项目中，我总是遇到一些错误识别问题。幸运的是，我能够尽早找到它们并解决它们，但我无法想象有多少好的项目因此而失败或停滞不前。作为一名生物学家，我的其他一些时间用于追溯构建我使用的质粒和菌株的历史。我可能会从某人那里获得遗传材料，但原作者是谁?有时我很幸运，它只是一张纸，有时它可能会在 80 年代结束。CellRepo 为实验者解决了这些和其他重要问题。"

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