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新的生物信息学工具发现了威胁水产养殖中天然罗非鱼种群生存的杂交鱼

导读一种新的基因组学标记工具已被证明可以准确识别罗非鱼种类并区分它们的杂交品种,为帮助非洲坦桑尼亚发展水产养殖和加强保护提供了一种新资

一种新的基因组学标记工具已被证明可以准确识别罗非鱼种类并区分它们的杂交品种,为帮助非洲坦桑尼亚发展水产养殖和加强保护提供了一种新资源。

至关重要的是,新工具提供了比全基因组数据分析更便宜的解决方案——目前监测当地生物多样性的方法。

由LED阿勒姆研究所,沿着坦桑尼亚水产研究所,罗汉普顿大学,班戈大学,在英国布里斯托尔大学和东安格利亚大学在英国,新的基因组标记工具使侵入和本地罗非鱼之间的罗非鱼品种鉴定和精确定位杂交物种。

近几十年来,热带内陆水产养殖产量迅速增加,2018 年达到 4,700 万吨。 罗非鱼是一种以Oreochromis属为主并原产于非洲和中东的慈鲷鱼群,是这一扩张的关键部分——占 550 万吨吨的全球总量。内陆水产养殖的持续扩张在非洲尤为重要,那里的气候变化和人口增长使脆弱的粮食生产系统面临更大的压力。

由于气候变化导致内陆水域温度逐渐升高,非洲渔业遭受相关的水生环境物理和化学变化。再加上人口持续增长,预计到 2100 年,撒哈拉以南非洲和亚洲的人口将达到 90 亿,进一步引起人们对粮食安全的担忧。

罗非鱼是非洲特有的,包括坦桑尼亚在内的东非是罗非鱼物种自然多样性的热点地区。在坦桑尼亚发现了至少 8种完全地方性的Oreochromis物种,另外还有 12 种是与邻国共享的集水区特有的物种。其中一些物种适应了独特的环境条件,如高温、盐度和 pH 值,可能对未来的水产养殖发展感兴趣。

主要作者、厄勒姆研究所 Haerty 小组的博士后科学家 Adam Ciezarek 博士说:“罗非鱼养殖的主要困难之一在于物种的歧视。目前,这依赖于形态特征,这在雌性和幼鱼中尤其难以识别。这反过来又会导致意外的库存污染。此外,众所周知,非本地养殖的罗非鱼种群(尼罗罗非鱼、O. niloticus)广泛分布于整个非洲并与本地Oreochromis物种杂交。

“为了满足准确区分物种的需要,同时也需要确定可以经济高效且更快地进行的潜在杂交,开发了一种基于 96 个单核苷酸多态性 (SNP) 生物标志物的优化设计。这种设计也被证明比微卫星或种间杂种的形态识别更准确。

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