寻求对所有动物的基因组进行测序的巨大差距
华盛顿州普尔曼——根据华盛顿州立大学领导的一项分析,对世界动物基因组进行测序的努力往往集中在那些与人类最相似的动物身上,而这项工作几乎完全在全球北部进行。
在《美国国家科学院院刊》上发表的一篇论文中,来自 WSU 和杨百翰大学的研究人员警告说,目前的努力忽视了大量的多样性和机会。
分析发现,近 3,300 种动物物种的基因组已被测序和组装,这一过程为生物体的 DNA 提供了组织背景。虽然这个速度正在加快,但与世界上 166 万种动物相比,这个数字很小,而脊椎动物占当前序列的最大份额。尽管仅代表动物物种的 3.9%,但它们占所有集会的 54%。相比之下,节肢动物门的无脊椎动物(包括昆虫和蜘蛛)仅占当前数据集的 34%,而占所有物种的 78.5%。
“随着基因组组装的迅速积累,我们想考虑我们的努力在哪里。它并没有均匀地分布在整个动物生命之树上,”主要作者、WSU 博士后研究员 Scott Hotaling 说。“无脊椎动物的代表性仍然非常低,考虑到人们似乎更关心脊椎动物,即所谓的‘有魅力的巨型动物群’,这是有道理的。”
包括类人猿和人类在内的人科拥有最连续的基因组数据,但人类基因组并不是最长的:这个称号属于澳大利亚肺鱼。在所有基因组数据中,只有五个节肢动物群得到了很好的代表:蜜蜂、蝴蝶、蚊子、果蝇和蚂蚁——所有这些都以它们对人类造成的效用或问题而著称。
“我们对自己感兴趣,这不一定是件坏事,”该论文的通讯作者、杨百翰大学助理教授保罗弗兰德森说。“但要开始了解整个生态系统,我们必须开始对更多种类的生命进行采样,以获得更清晰的图景。脊椎动物是生态系统的重要组成部分,但可以说昆虫和许多其他小生物可能扮演更重要的角色,因为它们处于食物网的底部。”
作者 Hotaling、Frandsen 和 WSU 副教授 Joanna Kelley 还指出,绝大多数基因测序工作发生在通常称为全球北部的发达国家,因为大多数位于北半球。美国、中国和瑞士这三个国家的产量最多。不同地区甚至有某些倾向,其中北美对哺乳动物和昆虫进行了最多的测序,欧洲对鱼类进行了排序,亚洲对鸟类进行了排序。
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