科学家首次破译条纹鲶鱼全基因组

斑点叉尾鮰是一种条纹鲶鱼，位于传说中的湄公河，是东南亚最长的河流，也是世界上最大的内陆渔场。越南是这种鱼的主要生产国，一年大约养殖110万吨鱼。但与其他商业鱼类不同，如大西洋鳕鱼或斑点鲶鱼，几乎没有基因组数据来指导条纹鲶鱼的养殖。

现在，冲绳科学技术研究生院(OIST)的科学家正在与越南科学技术研究所的研究人员合作，对条纹鲶鱼的全基因组进行解码。他们的研究结果于2018年10月5日发表在BMC Genomics上，揭示了这一物种的进化谱系和可能对其健康发展至关重要的基因的新细节。

“通过这些基因组数据，我们可以很容易地检查个体鲶鱼种群的多样性，”OIST海洋基因组学集团负责人、该研究的第一作者之一Eiichi Shoguchi说。“例如，在水产养殖中，一种鱼可能比另一种鱼更能抵抗疾病。现在，你可以检查个体基因组，找出哪个基因与抗病有关。”

利用下一代测序技术，研究人员收集了高质量的基因组数据，并将其组装成一个完整的基因组。他们将新基因组与之前公布的斑点鲶鱼和斑马鱼基因组数据进行了对比——斑马鱼是一种与鲶鱼关系密切的模式生物，具有进化性。科学家们发现了亚洲鲶鱼和它的美国近亲之间的明显差异，进一步的差异与斑马鱼有关。

特别是，他们发现条纹鲶鱼中两个基因的丢失在斑马鱼中保持完整，并允许该物种产生自己的防晒霜。鲶鱼在河底觅食，超出紫外线范围，可能不需要这样的保护。条纹鲶鱼确实比斑马鱼有更多的胰岛素样生长因子基因，这可能是其健康生长发育的关键。

利用斑点鲶鱼的数据，科学家绘制了条纹鲶鱼的假想染色体图——鱼类基因所在的线性支架。这张地图指出了未来研究的方向，比较物种，追踪它们的系谱和调查它们的基因功能。进化生物学家和水产养殖者可以从条纹鲶鱼基因组中学习，现在它已经被解码了。

越南大学基因组研究所实验室主任Oanh TP Kim说，在不久的将来，水产养殖者可以开始在自己的条纹鲶鱼中搜索和选择被称为“分子标记”的最佳DNA片段。技术和这项研究的第一作者。

“条纹鲶鱼的基因组信息将使我们能够“开发这些分子标记，然后将其应用于分子标记辅助选择，以获得鲶鱼养殖中经济上重要的特征。"

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