人体消化道细菌综合目录

人类消化道是成千上万种不同细菌的家园。其中许多是有益的，而另一些会导致健康问题，如炎症性肠病。麻省理工学院和布罗德研究所的研究人员现在已经分离和保存了近8000份这些菌株的样本，并阐明了它们的遗传和代谢背景。

这个数据集(BIO-ML)可以被其他想要使用它的研究人员使用。它应该有助于揭示人体肠道微生物种群的动态变化，帮助科学家开发多种疾病的新疗法。埃里克阿尔姆，麻省理工学院微生物信息学和治疗学中心主任，麻省理工学院生物工程和土木与环境工程教授。

“微生物组领域有很多令人兴奋的东西，因为这些细菌与健康和疾病有关。但是我们不明白为什么，机制是什么，这些细菌的功能是什么？它们与疾病有关，”该研究的资深作者Alm说。

研究人员收集了大约90人两年的粪便样本，这使他们能够对个体中微生物种群的变化有深刻的了解。这项研究的重点是生活在波士顿地区的人，但研究小组现在正在从世界各地收集更多的样本，希望保留生活在工业化社会的人所没有的微生物菌株。

“现代技术使我们能够分离出以前从未培养过的人类肠道细菌，比以往任何时候都多。探索这种遗传和功能的多样性是令人着迷的——无论我们看哪里，我们都会发现一些新的东西。我相信一个丰富的生物库有各种各样的菌株。生活方式多样的人对人类微生物组研究的未来发展非常重要，”该研究的主要作者之一、麻省理工学院高级博士后Mathilde Poyet说。

麻省理工学院研究助理马修格劳辛(Mathieu Groussin)和前博士后肖恩吉本斯(Sean Gibbons)也是这项发表在9月2日《自然医学》杂志上的研究的主要作者。拉姆泽维尔是哈佛医学院的医学教授，也是布罗德研究所的成员。他是Alm的这项研究的资深作者。

微生物动力学

人类消化道中有数万亿个细菌细胞。尽管科学家们相信这些种群会随着时间的推移而改变和进化，但观察到这一点的机会很少。通过OpenBiome收集粪便样本用于研究和治疗目的，阿尔姆和他在麻省理工学院和布罗德研究所的同事可以从大约90人那里获得粪便样本。

在他们的大部分分析中，研究人员集中在大约12个人提供长达两年的样本的微生物上。

阿尔姆说：“这是一个独特的机会，我们相信真正试图更彻底地挖掘和表征微生物种群的人将是一大群人。“到目前为止，纵向研究还不多，我们想让它成为我们研究的重点，这样我们就能了解每天的变化。”

研究人员能够从主导人类胃肠道的六个主要细菌门分离出总共7758个菌株。对于这些菌株中的3632个，研究人员对它们的整个基因组进行了测序，他们还对其余菌株的一些基因组进行了测序。

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