粪化石可靠地预测了古代粪便的起源

考古记录中充满了粪便，这是一个潜在的金矿，可以用来洞察古代的健康和饮食、寄生虫的进化以及微生物群的生态和进化。研究人员面临的主要问题是确定检查的是谁的粪便。最近发表在PeerJ杂志上的这项研究，由马克斯普朗克人类历史科学研究所(MPI-SHH)的Maxime Borry和Christina Warinner领导，提出了“CoproID:一种推断古细菌起源的可靠方法”。

机器学习可以实现可靠的分类

几千年后，很难确定具体粪便的来源。人的粪便和狗的粪便特别难区分：它们大小形状相似，出现在同一个考古现场，成分相似。此外，在许多古代社会，狗都在菜单上，我们的狗朋友倾向于清除人类粪便，这使得简单的基因检测成为一个问题，因为这种分析可以从这两个物种中返回脱氧核糖核酸。

为了获得古细菌中包含的见解，研究人员开发了coproID(粪化石识别)。该方法将古代宿主DNA的分析与机器学习软件相结合，用于训练现代粪便中的微生物群落。美国哈佛大学和美国俄克拉荷马大学的研究团队MPI-SHH将coproID应用于新测序和之前公布的数据集，可以可靠地预测古代粪便的来源，表明宿主DNA和独特粪便的结合可以准确区分人和狗的粪便。

分类提供了消化健康的见解。

这项研究的资深作者克里斯蒂娜沃利纳教授说：“我们的研究出人意料地发现，考古记录全是狗屎。”但Warinner也希望coproID得到广泛应用，尤其是在法医学、生态学和微生物学领域。

准确识别考古粪便来源的能力使我们能够直接研究人类肠道菌群随时间的结构和功能。研究人员希望这项研究能为食物不耐受和人类健康中的许多其他问题提供见解。这项研究的第一作者Maxime Borry说：“人类辅酶的鉴定应该是古代人类微生物组分析的第一步。”

鲍莉补充说：“有了更多关于非西方化农村狗肠道基因组的数据，我们将能够更好地将更多的古代狗粪便归类为事实上的狗，而不是‘不确定’。”随着人类和狗微生物群数据目录的增长，coproID将继续改进其分类，并更好地帮助在一系列地理和历史背景下遇到古细菌的研究人员。

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