海草栖息地的丧失导致莫罗湾鱼类种类发生巨大变化。根据加州理工大学研究人员在 2021 年 10 月出版的《河口和海岸》印刷版上发表的一篇论文，曾经被茂密的海草草地和独特鱼类覆盖的地区现在是喜欢泥泞海底的比目鱼的家园。
海草草地以前在莫罗湾河口很常见，但在过去十年中几乎消失了。
“海草，就像莫罗湾的鳗草一样，很重要，因为它支持一系列海洋生物，” Jennifer O'Leary 说，她是加州理工学院的加州海洋补助金推广专家，领导这项研究。O'Leary 现在是野生动物保护协会的西洋协调员。“这就像森林中的树木——这些水下植物为生活在海湾中的许多海洋动物提供食物、结构和庇护所。”
水下海草草甸是沿海河口的主要栖息地之一，也是地球上最具生物生产力的生物群落之一。然而，海草栖息地正在以惊人的速度消失，现在它们的减少与热带雨林、珊瑚礁和红树林的报告相媲美。损失通常是更大问题的征兆，因此海草被认为是“沿海金丝雀”。它们的减少标志着生物多样性的重大损失，并经常影响依赖它们的社区。
莫罗湾是美国环境保护署指定的对国家经济和环境健康至关重要的 28 个河口之一，其海草栖息地急剧减少。曾经以常见的加利福尼亚鳗草(Zostera marina)为主，该地点的海草减少了 95% 以上，从 2007 年的 344 英亩减少到 2017 年的不到 15 英亩。
海草草甸是一个多方面的栖息地，用它们的根系保护沉积物，并为许多类型的鱼类和无脊椎动物提供食物、住所和托儿所。当海草草甸消失时，它们通常会被一个不太活跃、泥泞的海底栖息地所取代。
O'Leary 及其同事发现，海草消失并没有导致鱼类减少，而是导致生活在海湾中的鱼类类型发生了变化。研究小组发现一些海草特色鱼类的数量正在减少，例如海湾尖嘴鱼 (Syngnathus leptorhynchus)。长而瘦的身体和橄榄绿色的颜色，海湾尖嘴鱼适合躲在海草叶片中。
相比之下，研究人员观察到斑点沙丁鱼(Citharichthys stigmaeus)和鹿角杜鹃(Leptocottus armatus)等比目鱼的数量有所增加。这些鱼有扁平的身体，非常适合在泥泞的海底生活，是加利福尼亚海湾和河口的常见居民。这些物种已经迁移到以前的鳗草栖息地，现在构成了莫罗湾的大部分鱼类。
加利福尼亚海岸鳗草栖息地的丧失给依赖海草的物种带来了更大的问题，如海湾尖嘴鱼。如果海草没有恢复，那么幸存的草甸将相距更远，分布更加分散或零散。栖息地的这种距离和斑驳可能会影响专家，如尖嘴鱼，削弱他们迁移到新栖息地寻找食物或配偶的能力。随着时间的推移，这种群落隔离可能会改变整个尖嘴鱼种群的遗传结构和多样性。
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