开创性的实时代码文章允许科学家相互比较结果

在线期刊《电子生活》发表了第一篇文章《计算的可再现性》，在这篇文章中，这些数字与生成它们所需的软件、数据和计算环境相结合。

读者可以更改底层代码并生成修改后的数字，以更好地理解、验证或构建作品。例如，他们可以重新运行代码来查看没有异常值的图表，或者使用不同类型的图表来更有效地显示趋势。

研究人员说，可重复的文章，其中在线生活首次以其传统格式出版，去年1，是走向未来的一步，报纸不仅是静态页面，也是重要的一步。

“eLife正在做的是承诺研究文章的升级，这样它就不仅仅是书面文字，而是这种多方位的交流媒介，其中包括数据和代码作为不可或缺的一部分，”DC华盛顿乔治华盛顿机械工程大学的航空航天工程师和重复性专家Lorena Barba说。

根据英国剑桥eLife产品和用户体验主管朱利亚诺麦克西奇的说法，这篇文章是该杂志现在计划扩大规模的技术原型。想要使用类似功能的作者可以联系期刊进行考虑。

共享代码

这些技术将使研究人员在未来更容易重用彼此的代码。用户不能上传自己的数据并将其添加到数字中，但Maciocci表示，计划是让他们最终下载这些文章并在自己的计算机上运行，例如，使用作者的代码分析自己的发现。

重用这种软件通常很困难，这涉及到一组令人困惑的相互依赖的工具，每个工具都必须下载和安装。eLife的概念验证版本允许用户查看和执行文章主体中的代码，而无需安装。“读者在执行代码和使用数据时没有摩擦，”巴尔巴解释道。

在推特上，纽约洛克菲勒大学的神经生物学家柯里巴格曼将这一进展描述为“未来的论文”。“新的eLife格式提供了更多共享数据和分析的机会，从而建立了相互的工作，”Bargmann在后续邮件中补充道。

加州大学戴维斯分校的生物信息学专家泰特斯布朗说，制作可重复文档的能力并不新鲜。研究人员可以通过将提供交互式实验室笔记本的Jupyter Notebook等工具与允许他人执行代码的基于云的软件Binder结合起来，自己完成这项工作。布朗说：“缺少的是与出版商的整合。”

计算胶囊

一些期刊，包括标题为F1000Research、GigaScience和Cell Press的期刊，允许作者在文章中嵌入来自基于云的平台Code Ocean的可执行“计算胶囊”，代码和执行环境以交互小部件的形式呈现。2018年8月，Nature Methods、Nature Biotechnology和Nature Machine Intelligence与Code Ocean启动了一个试点项目，使用该公司的计算胶囊进行同行评审。

ELife是第一个将代码变成文章本身一部分的期刊。

2月20日发表的增强型eLife文章描述了复制2012年论文2的尝试，该论文讨论了癌细胞中频繁突变的基因如何影响其他基因的表达。这项研究是作为可重复性项目的一部分进行的：癌症生物学是一项评估肿瘤学研究结果可重复性的系统工作，由弗吉尼亚州夏洛茨维尔的开放科学中心和加利福尼亚州帕洛阿尔托的科学交流中心领导。

使用一组名为eLife可重复文档堆栈的开源工具，包括Binder和一个名为模板桌面的特殊文档编辑器，可重复的文章看起来像任何其他文章，除了每个图形都用一个蓝色小箭头装饰。当用户单击图标时，用于生成图形的编程代码将显示在实时内联文本编辑器中。当用户更改代码时，图形将被更新，允许用户调整数据显示(参见“计算再现性”)或测试删除异常值的效果。

爆炸物地图

宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院的生物信息学专家凯西格林指出，例如，本文用带有误差条的条形图总结了一些数据。这种配置有时被轻蔑地称为爆炸阴谋，因为它类似于狂野的西方爆炸雷管——而且它可能会掩盖基本数据。使用这篇可重复的文章，读者可以用另一种风格重现情节，更有效地揭示趋势。然而，他们不能与其他读者分享这种修改，这是格林希望看到的一个特征。“对我来说，这将是这项技术的明显胜利，”他说。

根据Maciocci的说法，宣布这篇文章的博文是出版商中最受欢迎的一篇，自2月20日以来，拥有超过7500个独特的浏览量；文章本身的用户不到2000人。“我们绝对有责任继续推广内容。”

他指出，这篇文章的所有软件都是开源的，任何感兴趣的出版商都可以使用，但他还没有联系《华尔街日报》。

作为原型，文章缺少参考文献和补充数据，但Macioci表示，这些将在以后的文章中提供。

对于研究作者、开放科学中心主任蒂姆埃林顿来说，这份文件代表了研究文章本身的演变。“这对我来说可能是一个进步。作为一名研究人员，我不必将我的内容从我的可重复工作流转移到平面版本，这样您就可以查看它——事实上，它可能只会暴露我所做的事情。”

他承认还没有，但这是一个开始。“问题是，我们现在该怎么办？我们如何才能继续做得更好？”

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