在研究细胞时常用抗生素可能会扭曲测试

在实验室培养细胞时，研究人员经常添加抗生素以防止污染。然而，美国加州大学旧金山分校的一项新研究为这种标准做法提出了一个危险信号，并发现它会诱导细胞发生无意的基因变化，扭曲测试结果。

这些变化可能特别涉及药物基因组学实验，该实验研究人类细胞对药物的反应，这是精准医学的重要组成部分。

该学院药物生物工程教授、本文资深作者Nadav Ahituv博士并未着手挑战标准实验室方案。但是和科学一样，一个问题导致另一个问题。

抗生素基因表达和基因调控。

阿希托夫实验室的研究领域之一是遗传变异如何影响我们对药物的反应。最近，他的实验室发现利福平是结核病和其他感染的常用抗生素，可以引起人类肝细胞中基因和调节元件表达的显著变化。

“当我们进行这个实验时，我在想：我们一直在用抗生素处理细胞培养中的细胞，没有人研究过这可能如何影响基因表达和基因调控，”Ahituv说。

他和这项研究的第一作者，研究生安汉刘，设计了一个简单的实验。他们比较了一个人肝细胞株HepG2，它是否含有标准抗生素混合物、青霉素和链霉素的组合。Ahituv说，他们之所以选择肝细胞，是因为肝脏有助于清除体内异物，并且对药物反应最敏感。

他们让细胞生长三周，并对它们进行分析，以确定编码和非编码脱氧核糖核酸的变化。

他们发现209个基因的表达发生了变化，尤其是那些与药物和压力反应有关的基因。包括这些已知参与凋亡和未折叠蛋白反应的基因的更高表达。

Ahituv说，特别值得注意的是，一些受影响的基因是转录因子，反过来可以控制许多其他基因的表达。

他们还发现了9500多个基因调控元件的变化，这些元件是我们98%非编码基因组的一部分。这些调节元件位于与细胞分化、核酸酶活性和tRNA修饰相关的基因附近。

系统研究抗生素的作用。

Ahituv认为，这是首次利用基因组工具系统研究抗生素对细胞培养的影响。Ahituv说，研究人员以前曾提出过担忧，“但他们认为这更像是一个成本效益问题，他们更担心的是污染，而不是对他们实验的影响。”

他希望这项研究能对其他研究者起到警示作用。考虑到抗生素的作用，甚至有可能检查实验室中的其他变量，如生长培养基和通风橱温度，可能会无意中影响实验。

与此同时，阿希托夫对这一新发现并不是危言耸听。他说，在我们全基因组约2万个基因中，209个基因的表达变化影响相对较小。

他说：“所以209并不是一个很大的数字，但我认为知道这些基因的身份以及它们在做什么很重要。“例如，如果你做了一项研究，你看到某个基因表达非常高，那么它可能与研究无关，而是因为你正在接受抗生素治疗。”

他建议研究药物反应的研究人员避免使用抗生素，并采取其他预防措施来防止污染。“当然，对我们来说，根据这些结果，从现在开始，如果我们不需要使用抗生素，我们就不会使用抗生素。”

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