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研究人员评估用于识别植物中microRNA的工具

导读 大约二十年前,在植物中发现了 RNA 沉默的过程,即在蛋白质合成过程中,RNA 的小片段使基因的一部分失活。这些片段——称为 microRNA(

大约二十年前,在植物中发现了 RNA 沉默的过程,即在蛋白质合成过程中,RNA 的小片段使基因的一部分失活。这些片段——称为 microRNA(缩写为 miRNA)——已被证明在植物生长和发育的几乎每个阶段都是必不可少的,从花、茎和根的产生到植物与环境相互作用的方式和防止感染。

miRNA 的检测和表征是一个活跃的研究领域。在植物中发现它们后的十年中,使用了 1,000 多种生物信息学工具来识别 miRNA 并绘制出寻找它们的潜在位置。

在发表在《植物科学应用》杂志上的一项新研究中,研究人员着手通过测试八种最常用的 miRNA 应用来简化 miRNA 发现和表征的过程,并根据准确性、灵敏度、速度和数量来评估每种应用。软件使用的计算机内存。

大量可用的应用程序可以使研究 miRNA 成为一项艰巨的任务。大多数这些工具 (77%) 也是在考虑到动物系统的情况下开发和测试的,因此不清楚它们的效用是否可以扩展到植物中 miRNA 的检测和分析。

miRNA在植物和动物中的生物合成途径是不同的。同时,植物miRNA前体的茎环结构比动物大。植物 miRNA 会被甲基化修饰,但动物 miRNA 不会。”

扬州大学农学院讲师齐游博士,该研究的资深作者

当考虑到同一植物物种的个体可能具有不同的基因组大小时,事情变得更加棘手,这使得开发单一的标准化方法变得困难。此外,一些程序仅查找已知存在的 miRNA,而其他程序则通过基因组梳理以查找列表中的新添加项。

最后,虽然大多数工具使用搜索标准来直接识别基因组中的 miRNA 序列,但其他工具则旨在搜索处于早期发育阶段的 miRNA(前体 miRNA),当更多碱基对连接在分子切割过程修剪它们之前的任一端时缩小到尺寸。

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