目前婴儿特殊医学用途配方食品主要包括无乳糖/低乳糖配方、部分水解配方、深度水解配方、氨基酸配方、早产或者低出生体重婴儿配方、母乳营养补充剂和氨基酸代谢障碍配方等。
无乳糖或低乳糖配方食品 乳糖不耐受在婴幼儿中十分常见，表现为进食奶制品后导致的腹泻、腹胀、腹痛等症状，其中原发性乳糖酶缺乏在生活中是非常罕见的，常见的乳糖不耐受主要是一些疾病因素导致的小肠黏膜受损而继发的，比如常见的病毒性腹泻、炎症性肠病、食物过敏诱导的肠病等，是导致迁延性慢性腹泻的主要原因之一。继发性乳糖不耐受的母乳喂养婴儿可选择继续母乳喂养，添加外源性乳糖酶，人工喂养的婴儿，建议使用低/无乳糖配方，并建议使用1~2周，腹泻停止后转为原来喂养的方式。
水解配方食品 食物过敏在儿童中常表现为呕吐、喂养困难、拒食、腹胀、腹泻、便血、湿疹、哮喘、生长发育障碍等，经过医生诊断食物过敏的患儿，建议母乳喂养者仍继续母乳喂养，母亲严格回避奶制品。人工喂养患儿更换深度水解奶粉或氨基酸配方奶粉喂养(重度)，回避至少6个月，或至9~12月龄，逐步尝试转换深度水解、适度水解、普通奶粉。水解配方奶粉营养丰富，可满足患儿生长需求，但仍需监测患儿营养、生长发育状况，通过母亲回避的母乳喂养患儿且需评估母亲营养和心理状态。
早产或者低出生体重婴儿配方食品 早产儿、低出生体重儿是生长迟缓、发育落后的高风险人群，当母乳喂养不能满足或不能进行母乳喂养患者，需使用早产儿配方奶进行强化。一般来说，需应用至矫正胎龄38~40周后转化为早产儿过渡配方，其中中危、生长速度满意的患儿需继续过渡配方强化至纠正月龄3月，而高危及宫外生长发育迟缓的孩子需要强化至纠正月龄6月甚至更久。但需要定期监测生长发育指标，在医师指导下终止强化。
母乳强化剂/母乳营养补充剂 母乳强化剂又称为母乳营养补充剂，是一种为满足早产儿特殊营养需求的包含多种营养素的添加剂，使用对象：1.推荐出生体重<1800克的早产儿使用。2.宫外生长迟缓早产儿、尚未完成追赶生长的小于胎龄早产儿、因疾病状况限制液体入量的早产儿，需在医务人员指导及监测下使用。建议母乳喂养量达50~80毫升/(公斤·天)时开始使用，从半量开始，如可耐受，于3-5天内达到足量的强化，如耐受性差，可适当延长达到足量的时间。使用时限主要由患儿体格生长状况决定，在医生的指导下逐渐停止添加母乳强化剂。
氨基酸代谢障碍特殊配方 苯丙酮尿症是一种先天性氨基酸代谢异常的疾病，是影响脑发育，导致小儿智能障碍的重要原因，饮食营养治疗仍是目前最有效的治疗方法。婴儿期：先予无苯丙氨酸奶粉喂养至体内苯丙氨酸接近正常，逐步增加母乳或普通奶粉喂养，但必须保证80%的蛋白质来自无苯丙氨酸饮食(80%的无苯丙氨酸奶粉+20%普通奶粉或母乳)。儿童期：可选用蛋白质替代品，日常生活中食用少量苯丙氨酸含量小的食物，如蔬菜、水果、地瓜、芋头等。对于蛋白含量高的食物应谨慎食用或禁用：鸡蛋、鱼、肉、豆类、海鲜、奶酪等。
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