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地球生物基因组计划正式开始基因组测序

导读 全球范围内绘制地球上所有植物、动物、真菌和其他微生物生命基因组的努力正进入一个新阶段,从试点项目转向全面生产测序。地球生物基因组计

全球范围内绘制地球上所有植物、动物、真菌和其他微生物生命基因组的努力正进入一个新阶段,从试点项目转向全面生产测序。地球生物基因组计划 (EBP) 的这一新阶段以本周(1 月 17 日)在美国国家科学院院刊上发表的一系列论文为标志,描述了该项目的目标、迄今为止的成就和下一步。

EBP 工作组主席、加州大学戴维斯分校进化与生态学特聘教授哈里斯·莱温 (Harris Lewin) 说:“EBP 的特殊功能捕捉到了生物学史上最大规模的协同努力的精髓和激动人心。” .“从基础科学到突破性应用,解决了一系列紧迫的全球问题,例如防止生物多样性丧失和使粮食作物适应气候变化,EBP 在真核生物测序方面取得的进展令人谦卑和鼓舞人心。实现对所有真核生物进行测序的最终目标现在似乎触手可及。”

EBP 于 2018 年 11 月启动,其目标是提供所有 180 万种已命名的植物、动物和真菌以及单细胞真核生物的完整 DNA 序列目录。

如果不采取行动遏制气候变化和保护全球生态系统的健康,预计到本世纪末地球将失去 50% 的生物多样性。为所有已知的真核生物创建一个 DNA 序列数字图书馆,有助于为防止生物多样性丧失和病原体传播、监测和保护生态系统以及增强生态系统服务提供有效工具。

网络网络

该项目作为一个国际网络网络,协调众多特定群体、区域和国家规模的努力,例如加利福尼亚保护基因组计划(美国)、达尔文生命之树计划(英国和爱尔兰)、脊椎动物基因组计划和 10,000 只鸟类基因组计划。

该项目的行政办公室位于加州大学戴维斯分校基因组中心。该中心也是加州保护基因组学项目的主要 DNA 测序中心,该项目由加州大学洛杉矶分校的 Bradley Shaffer 教授领导,旨在帮助加州利用基因组工具管理濒危和经济上重要的物种。

第一阶段目标

EBP 的前两年,即 2018-20 年,代表了启动阶段。到 2023 年,第一阶段的目标是产生代表约 9,400 个分类科的参考基因组。到目前为止,附属项目已经产生了大约200个这样的参考基因组,预计到2022年底完成测序、组装和注释3000多个,约占一期目标的三分之一。

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