用吞噬作用预测生物的计算机模型
博物馆研究人员开发的计算机模型可以为吞噬作用的起源提供新的见解,吞噬作用是一种单细胞生物“吃掉”其他细胞以吸收营养或消除病原体的方法。
吞噬作用被一些人认为是复杂生命进化早期步骤背后的机制。当两个简单的单细胞生物合并时,它们产生线粒体能量和细胞器,这是复杂细胞的关键特征,包括我们的占有。
博物馆无脊椎动物部副主任Eunsoo Kim说:“吞噬作用是许多单细胞生物吸收营养的主要机制,对于包括人类在内的许多生物的免疫防御非常重要。“它可以追溯到大约20亿到30亿年前,并在共生关系中发挥作用,这种共生关系可能开始逐渐演变成我们今天在地球上看到的更多样、更复杂的生命。”
然而,很难确定线粒体进化的祖先微生物,因为今天没有单细胞细菌或古细菌能吞噬细胞。新模型采用基于吞噬细胞遗传模型的机器学习,可以帮助科学家快速预测哪些细胞可能被“吃掉”。
博物馆内萨克勒比较基因组研究所的研究科学家约翰伯恩斯说:“没有一组基因能够强烈预测吞噬作用。这项研究的主要作者描述了今天发表在《自然生态与进化》杂志上的模型。“但当我们开始研究越来越多的真核生物的基因组时,一种遗传模式出现了,这种模式存在于多样性中,尽管在每个物种中略有不同。”
使用新的计算机模型,研究人员能够更仔细地检查像阿斯加德古菌这样的微生物的遗传线路。最近的一些研究表明,这些微生物可能是第一批吞噬细胞的后代。然而,结果表明阿斯加德微生物缺乏吞噬作用的遗传特征。尽管这项新工作消除了线粒体诞生的条件——阿斯加德古菌吞噬细菌——但许多其他选择仍然存在。
亚历山大皮蒂研究的前合著者金说:“当你分离这些预测基因的组成部分时,有些来源于古细菌,有些来源于细菌,有些是真核生物独有的。博物馆博士后研究员。“我们的数据符合我们的细胞是古细菌和细菌成分的嵌合体的假设,吞噬的过程只有在这种结合发生后才会发生。我们在这个领域还有很多工作要做。”
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