新的软件工具提供了一种更安全的基因组编辑设计方法

一组研究人员开发了一种名为 DANGER(通过 RNA 测序评估的有害和可预期指南)分析的软件工具，该工具为所有具有转录组的生物体中更安全的基因组编辑设计提供了一种方法。大约十年来，研究人员一直使用 CRISPR 技术进行基因组编辑。然而，CRISPR的使用也存在一些挑战。DANGER 分析克服了这些挑战，使研究人员能够在没有参考基因组的情况下进行更安全的靶向和脱靶评估。它具有在医学、农业和生物研究方面的应用潜力。

他们的研究成果于 2023 年 8 月 23 日发表在《生物信息学进展》杂志上。

基因组编辑或基因编辑是指允许研究人员改变生物体基因组 DNA 的技术。借助这些技术，研究人员可以添加、删除或改变基因组中的遗传物质。

CRISPR-Cas9是众所周知的基因编辑技术。它因比其他类似技术更准确、更快且更便宜而享有盛誉。然而，使用 CRISPR 技术进行基因编辑面临着一些挑战。第一个挑战是意外的 CRISPR 动力学引起的表型或可观察的效应没有得到定量监测。

第二个挑战是CRISPR技术通常依赖于基础基因组数据，包括参考基因组。参考基因组就像一个模板，为研究人员提供基因组的一般信息。可能会发生意外的不匹配序列编辑。这些偏离目标的网站总是出乎意料。因此，研究人员需要一种方法来观察实际的基因组序列并限制潜在的脱靶效应。

基因组编辑的设计需要充分表征的基因组序列。然而，患者、癌症和未知生物体的基因组信息通常是不完整的。”

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