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全基因组DNA甲基化图谱揭示了胶质母细胞瘤的影响

导读 与血液相比,甲基化变化还导致 CD4 肿瘤浸润 T 细胞中 341 个差异表达基因的转录组变化。对参与 CD4 分化和功能的特定基因的分析揭

与血液相比,甲基化变化还导致 CD4 肿瘤浸润 T 细胞中 341 个差异表达基因的转录组变化。

对参与 CD4 分化和功能的特定基因的分析揭示了肿瘤 CD4 T 细胞中TBX21、GATA3、RORC、FOXP3、IL10和IFNG 的差异甲基化状态。

有趣的是,作者观察到 GBM 组织中 T 细胞功能基因的几种配体的失调,对应于肿瘤浸润 CD4 T 细胞中失调的 T 细胞受体。

这些 Oncotarget 结果表明 GBM 可能通过操纵肿瘤浸润 CD4 T 细胞的分化和功能影响抗肿瘤免疫反应,从而诱导肿瘤浸润 CD4 T 细胞的表观遗传改变。

这些 Oncotarget 结果表明 GBM 可能会诱导肿瘤浸润 CD4 T 细胞的表观遗传改变

来自威斯康星大学麦迪逊分校和印第安纳大学医学院的Mahua Dey 博士说:“幼稚 CD4+ 辅助 T 细胞群以其多功能性和高度可塑性的特性而闻名。”

在肿瘤微环境中,CD4 T 细胞的谱系承诺反映了肿瘤浸润性幼稚 T 细胞内基因表达新程序的启动。

众所周知,GBM 肿瘤微环境具有极强的免疫抑制性,具有多种独特的特性,包括:

受损的细胞免疫不缺乏肿瘤浸润性 T 细胞

常驻和循环小胶质细胞分泌的高水平 TGFβ 和

几种抑制性配体的表达,引起 TME 中细胞毒性淋巴细胞的无反应性和凋亡,免疫检查点表达,以及免疫抑制细胞浸润增加。

全基因组甲基化测序显示,与血液相比,GBM 患者肿瘤的 CD4 T 细胞中有 13571 个独特的差异甲基化区域,主要集中在 TSS 周围。

此外,将来自 RNAseq 分析的转录组数据与 DNA 甲基化相结合,我们观察到 GBM 肿瘤中 CD4 T 细胞(包括 Th1、Th2、Th17 和 iTregs)特异性基因集的差异甲基化,尽管具有显着的患者间变异性。

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