Gaurav Gaiha, MD, DPhil 是 MGH、麻省理工学院和哈佛大学拉根研究所的成员，研究艾滋病毒，人类已知的变异最快的病毒之一。但 HIV 的变异能力在 RNA 病毒中并不是独一无二的——随着时间的推移，大多数病毒会发生突变，或改变其遗传密码。如果病毒是致病的，正确的突变可以通过改变免疫系统用来将病毒识别为威胁的病毒片段来使病毒逃避免疫反应，科学家称之为表位。
为了对抗 HIV 的高突变率，Gaiha 和 Elizabeth Rossin 医学博士、马萨诸塞州眼耳科视网膜研究员、Brigham 将军的成员，开发了一种称为基于结构的网络分析的方法。有了这个，他们可以识别受突变限制或限制的病毒片段。突变受限表位的变化很少见，因为它们会导致病毒失去感染和复制的能力，基本上使其无法自我繁殖。
大流行开始时，Gaiha 立即意识到将基于 HIV 结构的网络分析原理应用于 SARS-CoV-2(导致 的病毒)的机会。他和他的团队推断，该病毒可能会发生变异，其方式可能会使其逃避自然免疫和疫苗诱导的免疫。使用这种方法，该团队确定了突变受限的 SARS-CoV-2 表位，这些表位可以被称为T 细胞的免疫细胞识别。然后，这些表位可用于疫苗以训练 T 细胞，提供保护性免疫。最近发表在Cell 上的这项工作强调了 T 细胞疫苗的可能性，该疫苗可以针对 SARS-CoV-2 和其他 SARS 样的新出现和新兴变体提供广泛的保护。
从 大流行的最早阶段开始，该团队就知道必须为未来可能发生的突变做好准备。其他实验室已经公布了大约 40% SARS-CoV-2 病毒的蛋白质结构(蓝图)，研究表明具有强大 T 细胞反应，特别是 CD8+ T 细胞反应的患者更有可能在 COVID- 19 感染。
Gaiha 的团队知道这些见解可以与他们独特的方法相结合：用于识别突变受限表位的网络分析平台和他们刚刚开发的一种检测方法，该报告目前正在Cell Reports 上发表，以识别成功靶向的表位HIV 感染者的 CD8+ T 细胞。将这些进展应用于 SARS-CoV-2 病毒，他们在 SARS-CoV-2 中确定了 311 个高度网络化的表位，这些表位可能受到 CD8+ T 细胞的突变限制和识别。
标签： T细胞
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