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如何让生物医学研究数据能够交互

导读 互操作性的概念描述了不同系统进行通信的能力。这是生物医学研究中的一个重大挑战,尤其是在个性化医疗领域,这主要基于对大量数据集的编译

互操作性的概念描述了不同系统进行通信的能力。这是生物医学研究中的一个重大挑战,尤其是在个性化医疗领域,这主要基于对大量数据集的编译和分析。例如, 大流行表明,即使解除了技术、法律和道德限制,由于语义模糊,数据仍然难以分析。在瑞士个性化医疗网络 (SPHN) 的支持下,并与所有五家瑞士大学医院和 eHealth Suisse 的代表密切合作,由日内瓦大学 (UNIGE) 和日内瓦大学医院 (HUG) 的科学家组成的团队,与 SIB 瑞士生物信息学研究所和洛桑大学医院 (CHUV) 合作,制定了被所有瑞士大学医院和学术机构采用的国家基础设施战略。凭借其务实的方法,该策略基于通用语义框架的开发,该框架不旨在取代现有标准,而是根据研究和相关合作伙伴的需求以协同和灵活的方式使用它们。该战略的实施已经开始,标志着在瑞士为真正个性化医疗刺激研究和创新迈出了关键一步。在期刊中阅读更多内容该战略基于通用语义框架的开发,其目的不是取代现有标准,而是根据研究和相关合作伙伴的需要以协同和灵活的方式使用它们。该战略的实施已经开始,标志着在瑞士为真正个性化医疗刺激研究和创新迈出了关键一步。在期刊中阅读更多内容该战略基于通用语义框架的开发,其目的不是取代现有标准,而是根据研究和相关合作伙伴的需要以协同和灵活的方式使用它们。该战略的实施已经开始,标志着在瑞士为真正个性化医疗刺激研究和创新迈出了关键一步。在期刊中阅读更多内容JMIR 医学信息学。

个性化医疗基于对大量数据的开发和分析,无论是基因组数据、流行病学数据还是医学成像数据,以提取意义。为了能够做到这一点,交叉引用和聚合相互理解的数据是强制性的,即使它们来自非常不同的来源。

考虑到这一点,瑞士政府于 2017 年创建了瑞士个性化健康网络 (SPHN),这是一项由瑞士医学科学院与 SIB 瑞士生物信息学研究所合作的倡议,旨在促进该网络的使用和交流。用于研究的健康数据。“尽管在过去十年中进行了大量投资,但仍然存在重大差异”,UNIGE 医学院放射学和医学信息学系主任兼 HUG 医学信息科学系主任 Christian Lovis 说。“这就是为什么我们希望与我们的合作伙伴和 SPHN 一起提出一种足够灵活的战略和通用标准,以适应各种当前和未来的数据库。”

三支柱战略

我们根据三个主要标准进行交流:我们赋予事物的意义,因为我们必须在相互理解的共同基础上达成一致;技术标准——我们说话的声音;最后,用句子和语法组织意义和声音,以可理解的方式构建交流。“就数据而言,这是一回事,Christophe Gaudet-Blavignac 解释说,他是 Christian Lovis 领导的团队的研究员。你必须就语义达成一致,从概念上表示必须传达的内容。然后我们需要一种组合语言将这些含义与表达需要表达的一切所需的所有自由结合起来。最后,根据所涉及的项目和研究社区,这将根据需要“转换”为数据模型,

“因此,我们的目标是统一词汇,以便它们可以用任何语法进行交流,而不是从头开始创建一个新词汇,每个人都必须重新学习”,Christian Lovis 说。“从这个意义上说,瑞士联邦制是一个巨大的优势:它迫使我们想象一种可以在任何地方应用的去中心化战略。因此,这种限制创造了开发一种不受当地语言、文化和法规影响的系统的机会。 ”这使得仅在最后一步应用特定数据模型以适应特定项目所需的格式成为可能——例如,在与美国团队合作的情况下,食品和药物管理局 (FDA) 格式,或特定国家或研究计划使用的任何其他特定格式。

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