华盛顿特区- 2021年6月15日-废水的病毒基因组测序可以提供新兴的SARS2变体是独立的鉴定临床病例调查的早期预警系统，根据公布的一项新的研究mSystems，一个开放访问美国微生物学会杂志。在这项研究中，研究人员描述了变体 B.1.1.7 的检测和量化，该变体首先在英格兰东南部发现，在来自英国伦敦的污水样本中，此变体在临床病例中广泛传播之前是显而易见的。
“废水采样和环境监测可以让您快速准确地了解在人群中发生的情况。大多数被感染但没有表现出症状的人没有接受病毒检测。废水采样可以为您提供所有人的信息，包括没有症状的个体，因此它更好地反映了病毒在人类中的传播，”研究首席研究员哈维尔·马丁博士说，他是美国国家生物标准和控制研究所病毒学部的生物学家，位于波特斯酒吧的南米姆斯，英国赫特福德郡 “环境采样和病毒基因组测序提供了关于人类病毒传播模式、不同变体如何随时间占主导地位以及菌株优势如何发生变化的偏见较少的图片。”
在这项新研究中，为了评估环境监测对 SARS-CoV-2 检测的价值，研究人员分析了 2020 年 1 月 14 日至 2021 年 1 月 26 日期间在伦敦收集的污水样本中是否存在 SARS-CoV-2。他们必须将 SARS-CoV-2 遗传信号与人们每天排泄的数十亿细菌和病毒区分开来。“当我们收到样本时，我们使用标准方法对其进行浓缩，然后我们使用针对基因组不同区域的 PCR 扩增和下一代测序来检测不同已知变体的不同遗传特征，”马丁博士说。
研究人员首先在 2020 年 11 月上旬的样本中检测到变异 B.1.1.7，比首次通过临床监测发现的几周前，发现污水中检测到的 B.1.1.7 突变频率迅速增加到 >95 % 2021 年 1 月，根据与 B.1.1.7 病毒相关的 SARS-CoV-2 感染的增加。
“在这里，我们展示了如何使用 SARS-CoV-2 的环境监测来帮助我们了解病毒传播模式，并提供有关变异在人群中流行的早期预警，”马丁博士说。“我们将继续监测不同的变异，重点关注那些具有潜在高传染性和/或免疫逃避特性的变异。我们的结果有助于更好地控制流行病，并在必要时改变疫苗设计。”
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