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即使经过深层清洁 耐药性医院细菌仍然存在

科学家利用基因组测序揭示了一种耐药性胃肠道细菌在医院内的传播程度,突显了医院在控制感染方面面临的挑战。粪肠球菌是常见于胃肠道中的一种细菌,通常存在于其中而不会引起宿主问题。但是,在免疫功能低下的患者中,它可能导致威胁生命的感染。

在过去的三十年中,出现了对包括氨苄青霉素和万古霉素在内的一线抗生素具有耐药性的菌株,限制了治疗选择,尤其令人担忧的是,这些菌株通常是在医院获得的粪肠球菌感染中发现的。

剑桥大学和伦敦卫生与热带医学学院的一组科学家率先采用了一种将流行病学和基因组信息相结合的方法,以绘制细菌在医疗机构中的传播情况。这有助于医院识别感染源并告知感染控制措施。

在发表于《自然微生物学》上的一项研究中,研究小组将该技术应用于耐药性大肠埃希菌在医院中的传播。

剑桥大学医学系的Theodore Gouliouris博士是该研究的第一作者,他说:“二十多年来,我们已经知道医院的患者可以感染并传播耐药的粪肠球菌。它的传播要求我们了解细菌在哪里-它的“水库”-以及如何传播。

“迄今为止,大多数研究都依赖于从样品中培养细菌。但是,正如我们已经表明的那样,全基因组测序-查看细菌的DNA-结合详细的患者和环境采样可以是帮助我们绘制其细菌图的强大工具。传播并提供预防进一步爆发的方法。”

该团队追踪了六个月内入院至剑桥大学医院NHS基金会信托基金Addenbrooke医院的149名血液学患者。他们从患者的粪便样本和医院环境的拭子中取样,并进行粪便大肠杆菌培养。

细菌的基因组分析在鉴定医院获得的粪便中更为有效:在101名可以接受随访的患者中,基因组分析确定三分之二的患者患有粪便,而仅使用培养方法的患者不到一半。

从医院环境中抽取的拭子中近一半(48%)对耐万古霉素的粪肠球菌呈阳性。其中包括36%的医疗设备,76%的非接触区域(如通风孔),41%的床位和68%的公共浴室。

研究人员表明,即使进行深层清洁也无法根除细菌。在研究期间,当患者被转移到其他地方时,医院对病房进行了为期三天的深度清洁。但是,当团队在患者返回病房之前对位置进行采样时,他们发现仍有9%的样品检测出细菌呈阳性。在患者返回病房的三天内,约有一半的采样点呈阳性。

四分之三(74%)的患者(111/149)是A1进化枝的携带者-粪肠球菌的一种多药耐药菌株,在医院常见,对抗生素氨苄青霉素具有耐药性,并且经常对万古霉素产生耐药性。在这111名患者中,有67名与至少一名其他患者和/或其直接环境有很强的流行病学和基因组联系。

伦敦卫生与热带医学学院联合研究的Francesc Coll博士说:“这些病例都与另一位患者或其周围环境有关,这一事实强烈表明,他们在医院时已经拾起了耐多药细菌。”第一作者。

进一步的基因组分析表明,在这种多重耐药菌株中,有几种亚型(通过遗传相似性来定义)。但是,患者携带一种以上的亚型并不少见,如果不进行详细的基因组分析,可能会混淆尝试确定感染传播途径的尝试。值得注意的是,尽管流通了多达115种亚型,但28%的粪肠球菌获得量仅由两种超扩散亚型引起。作者没有发现对普通消毒剂有抗药性或耐受性的证据来解释这些亚型的成功。

六名研究患者感染了“侵袭性感染”,这意味着他们在肠道中无症状地携带屎肠球菌,但随后出现了症状性感染。通过比较感染和肠道菌株的基因组,作者确定侵入性粪肠球菌感染源自患者自己的肠道。

Gouliouris博士补充说:“我们的研究基于以前的观察结果,即尽管采用标准清洁方法,粪肠球菌的耐药菌株仍可在医院环境中持续存在,但我们仍然惊讶地发现深层清洁的效果如此短暂。”

“尽管使用了证明有效的防虫清洁产品和程序,但我们发现医院适应的大肠埃希菌水平很高。这凸显了应对医院暴发的挑战性。”

剑桥大学医学系的高级作者莎朗·皮科克教授补充说:“在特定的弱势患者群体中,耐药性大肠埃希菌的高感染率以及其逃避清洁措施的能力对感染控制提出了重要挑战。为遏制这种全球流行,将需要进行患者筛查,提供足够的隔离设施和适当的洗手间设施,改进和更频繁的清洁程序以及更严格的医护人员卫生习惯。

“但这也表明我们迫切需要解决全球范围内不当使用抗生素的问题,这被广泛认为对我们的健康和控制感染的能力构成了灾难性威胁。”

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